Интернет магазин китайских планшетных компьютеров

Компьютеры - UGENE - Дизайнер запросов UGENE

Дизайнер запросов

Дизайнер запросов позволяет анализировать заданную пользователем нуклеотидную последовательность используя несколько алгоритмов. При этом на взаимное расположение их результатов накладываются ограничения.

Запрос к последовательности представляется с помощью схемы, которая может быть создана как с помощью графического интерфейса, так и отредактирована вручную с помощью любого текстового редактора.

Результаты выполнения схемы для нуклеотидной последовательности сохраняются как аннотации в указанный файл формата GenBank.

Обозреватель сборок UGENE

Обозреватель сборок

Создание обозревателя сборок началось в 2010 году в качестве проекта-участника конкурса Illumina iDEA Challenge 2011. Обозреватель сборок позволяет визуализировать и изучать большие данные полногеномного секвенирования. На сегодня, поддерживается единственный формат - BAM, являющийся бинарной версией формата SAM. Для просмотра данных в UGENE, входной файл должен быть сконвертирован в базу данных - собственный формат UGENE. Такой подход обладает как преимуществами, так и недостатками. Недостатками являются время конвертирования, которое может быть значительным для больших файлов, а также размер баз данных. С другой стороны, конвертирование позволяет удобно обозревать всю сборку целиком, перемещаться по сборке и быстро переходить к плотно покрытым регонам. Вместе с тем, UGENE позволяет выбирать контиги из BAM-файла, которые будут сконвертированы. Таким образом, обозреватель позволяет открывать файлы большого объема, такие как данные 1000 Genomes Project.