Интернет магазин китайских планшетных компьютеров



Компьютеры - UGENE - Поддерживаемые форматы биологических данных

03 июня 2011


Оглавление:
1. UGENE
2. Пользовательский интерфейс
3. Дизайнер запросов UGENE
4. Поддерживаемые форматы биологических данных
5. Аналогичное программное обеспечение



  • Последовательности и аннотации: FASTA, GenBank, EMBL, GFF
  • Множественные выравнивания: Clustal, MSF, Stockholm, Nexus
  • 3D структуры белка: PDB, MMDB
  • Хроматограммы: ABIF, SCF
  • Короткие последовательности: Sequence Alignment/Map, бинарная версия SAM, ACE, FASTQ
  • Филогенетические деревья: Newick
  • Некоторые другие форматы: Bairoch, HMM, PWM and PFM

Цикл выпуска

Разработка проекта ведется компанией "Унипро". Каждая итерация длится приблизительно 6 недель, после чего выпускается очередная версия. Пользователям также доступны промежуточные предрелизные сборки.

Возможности, которые будут включены в следующие версии во многом определяются запросами со стороны пользователей.

Награды

В 2010 году UGENE был признан "Лучшим свободным проектом России - 2010" в категории "Групповой проект" в конкурсе журнала Linux Format.

Также, в 2010 году UGENE занял третье место во "Всероссийском ежегодном конкурсе проектов в сфере высокопроизводительных вычислений", поддерживаемом корпорациями РОСНАНО и Intel.

В 2008 году проекту оптимизации алгоритма HMMER в UGENE было присуждено первое место на "Конкурсе по разработке программного обеспечения для процессора PowerXCell 8i", проводимого компанией "Т-Платформы".



Просмотров: 4190


<<<