Интернет магазин китайских планшетных компьютеров



Компьютеры - UGENE

03 июня 2011


Оглавление:
1. UGENE
2. Пользовательский интерфейс
3. Дизайнер запросов UGENE
4. Поддерживаемые форматы биологических данных
5. Аналогичное программное обеспечение



UGENE — свободное кроссплатформенное биоинформационное программное обеспечение.

В UGENE интегрированы десятки известных биоинформационных инструментов и алгоритмов, доступных как через графический интерфейс, так и через командную строку. Используя встроенный дизайнер вычислительных схем различные инструменты и алгоритмы могут быть скомпонованы в вычислительную схему.

Чтобы обеспечить максимальное быстродействие вычислений, UGENE использует возможности многоядерных ЦПУ и графических процессоров для оптимизации некоторых вычислительных задач. Имеется также возможность ускорить выполнение необходимой задачи используя облачные вычисления на Amazon EC2.

Основные возможности

Ниже представлены основные возможности продукта:

  • Создание, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей.
  • Поиск в онлайн базах данных: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL
  • Множественное выравнивание последовательностей: Clustal, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee
  • Онлайн и локальный BLAST поиск
  • Рестрикционный анализ со встроенной базой данных ферментов рестрикции REBASE
  • Интегрированный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров
  • Поиск повторов в последовательности ДНК: прямых, обратных, тандемных
  • Конструирование точечных графиков для ДНК последовательностей
  • Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием весовых матриц или алгоритма SITECON
  • Выравнивание коротких последовательностей с помощью Bowtie или модуля сборки контигов UGENE
  • Поиск открытых рамок считывания
  • Клонирование in silico
  • Отображение 3D структуры белков для форматов PDB и MMDB formats, поддержка стереоэффекта
  • Предсказание вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED
  • Интегрированные пакеты HMMER2 и HMMER3
  • Построение и отображение филогенетических деревьев
  • Локальное выравнивание последовательности с использованием оптимизированной версии алгоритма Смита-Ватермана
  • Комбинирование различных алгоритмов в вычислительную схему с помощью дизайнера вычислительных схем
  • Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в нуклеотидной последовательности с помощью дизайнера запросов
  • Визуализация данных секвенирования с помощью обозревателя сборок


Просмотров: 2156


<<<