Интернет магазин китайских планшетных компьютеров



Компьютеры - BLAST

29 мая 2011


Оглавление:
1. BLAST
2. Принципы работы BLAST



BLAST — семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот, для которых известна первичная структура или её фрагмент. Используя BLAST, исследователь может сравнить имеющуюся у него последовательность с последовательностями из базы данных и найти последовательности предполагаемых гомологов. Является важнейшим инструментом для молекулярных биологов, биоинформатиков, систематиков.


Классификация программ серии BLAST

Семейство программ серии BLAST делится на 5 основных групп:

Нуклеотидные

предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированных нуклеиновых кислот и их участков:

  • megablast — быстрое сравнение с целью поиска высоко сходных последовательностей,
  • dmegablast — быстрое сравнение с целью поиска дивергировавших последовательностей, обладающих незначительным сходством,
  • blastn — медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей и др..

Белковые

предназначены для сравнения изучаемой аминокислотной последовательности белка с имеющейся базой данных белков и их участков.

  • blastp — медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей,
  • cdart — сравнение с целью поиска гомологичных белков по доменной архитектуре,
  • rpsblast — сравнение с базой данных консервативных доменов,
  • psi-blast — сравнение с целью поиска последовательностей, обладающих незначительным сходством,
  • phi-blast — поиск белков, содержащих определённый пользователем паттерн и др.

Транслирующие

способны транслировать нуклеотидные последовательности в аминокислотные:

  • blastx — переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в кодируемые аминокислоты, а затем сравнивает её с имеющейся базой данных аминокислотных последовательностей белков,
  • tblastn — изучаемая аминокислотная последовательность сравнивается с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот,
  • tblastx — переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в аминокислотную, а затем сравнивает её с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот.

Геномные

предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированного генома какого-либо организма

Специальные

прикладные программы, использующие BLAST:

  • bl2seq — сопоставление двух последовательностей по принципу локальных выравниваний,
  • VecScreen — определение сегментов нуклеотидной последовательности нуклеиновой кислоты, которые могут иметь векторное происхождение и др.


Просмотров: 1333


<<< Astronomical Image Processing System